Le 11 avril 1868, le musée municipal est créé par délibération du conseil de la ville et par la volonté d’un artiste, né à Honfleur, Louis-Alexandre Dubourg(ci-contre). Le conseil municipal souligne que cette création est "inspirée par l’amour de l’art, l’esprit de progrès et un dévouement désintéressé à la chose publique", rendant ainsi hommage au fondateur.
Le musée porte, depuis 1960, le nom d’Eugène Boudin, en souvenir de celui qui en 1868 a soutenu les premiers pas de l’institution et l’a dotée en 1899 d’un legs prestigieux. Attaché à sa ville natale et ami d’Alexandre Dubourg, Eugène Boudin apporte en effet son soutien moral lors de l’installation du musée, destiné à donner aux Honfleurais, le goût des Beaux-Arts.